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# R commands        					 Genomic Data Science 
# Lab 12                                 University of South Carolina
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# This file contains the R commands for the lab.
#
# Lines beginning with the symbol '#' are comments in R.  All other
# lines contain code.
#
# In R for Windows, you may wish to open this file from the menu bar
# (File:Display file); you can then copy commands into the command
# window.  (Use the mouse to highlight one or more lines; then
# right-click and select "Paste to console".)
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### chunk: smoothScatter
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#BiocManager::install("genefilter")
library(genefilter)
library(CLL)
x<-rnorm(10000)
y<-2*x+ rnorm(10000, sd=2)
plot(x,y, pch=16)
smoothScatter(x,y) 

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### chunk: rma
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data("CLLbatch")
CLLbatch 
CLLB<-CLLbatch
CLLrma = rma(CLLB) ### remove non-specific binding, pre-process the raw data


### nucleotide in the human genome: 3*10^9
### number of genes in the human genome: 15,000 ~ 20,000

############################### g####################
### chunk: exprsDemo
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e = exprs(CLLrma)
dim(e)
dim(CLLrma)

###################### Run RMA
#normdata.u133a = rma(rawdata.u133a)
#normdata.u133plus2 = rma(rawdata.u133plus2)

##### Make multiple figures in one plot 

png("test.png")
par(mfrow=c(5,5))
par(mar=c(2,2,2,1))
MAplot(CLLB, cex=0.5)
dev.off()